FBI.data

FBI.data

L'infrastructure informatique a été conçue pour répondre à différents besoins :

• visualisation d'images aux formats et dimensions très variables
• stockage et calcul en mésocentre
• libérer les machines d'acquisition des données au plus vite
• valoriser les données par des annotations adéquates

Périmètre

• Déploiement sur 10 plateaux techniques et 2 mésocentres
• En phase d'homologation

Principes fondamentaux

Présentation de l'architecture

Visualisation : Omero

• visualisation en ligne
• partage et contrôle d'accès aux données
• annotations et analyse

Permet de visualiser, enrichir et partager des données.

Stockage : iRods

• stockage distribué
• serveur central en mésocentre
• clients sur les plateaux de microscopie

Permet d'accéder aux données en méso dès l'acquisition sur le plateau.

Stockage : iRods

Roadmap

• Calcul en mésocentre
  • Jupyter Notebooks
  • Nextflow
  • ...
• Stockage S3 natif avec OME-Zarr
• Amélioration de l'UX et de l'accessibilité
• Réouverture des tests utilisateur·ices

theo.barnouin@univ-nantes.fr

Membres du projet