BiRD développe des pipelines d'analyse de données avec la technologie SnakeMake. Ce langage de développement de workflows est très efficace grâce à son environnement d'exécution rapide et clair.

Nous travaillons particulièrement à développer des pipelines reproductibles. Dans le contexte de l'analyse des données génomique, les mêmes composants logiciels doivent être déployés dans de multiples environnements pour des problèmes de reproductibilité, d'évolutivité et de partage.
Pour promouvoir les principes du FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Re-usable), la mise en place d'environnements logiciels contrôlés devient obligatoire. Nous cherchons à définir les bonnes pratiques en s'appuyant sur des outils éprouvés ou prometteurs: Git, Conda, SnakeMake, Jenkins et Docker.
Ces bonnes pratiques de développement visent à promouvoir des pipelines d'analyse de données accessibles grâce à des ressources sur le Web ainsi que des pipelines échangeables et ré-exécutables à long terme.

Catalogue de pipelines

  • RNAseq 
    • Quantification
    • Analyse de variants
  • DGEseq
  • SingleCell
  • Axiom (Génotypage)
  • Exome (Analyse de variants)