La plateforme assure, un accompagnement et un service d'analyse de données issues :

  • de la technologie de séquençage à Haut Débit (reséquençage de génome, exome, capture ciblée de gènes, RNAseq)
  • de différentes technologies de puces (expression, mi-ARN, génotypage)

Un service complet est proposé, en lien avec la plateforme de Génomique, pour mener à bien des projets partant de la paillasse jusqu'à l'analyse des données.

Prestations

  • Analyse de génomes entiers
  • Analyse d’exomes
  • Capture de gènes
  • Séquençage Massif sur MiSeq ou HiSeq 2500 Illumina (NGS)
  • Analyse des données jusqu’à la détection de variations génétiques
  • Génotypage haut-débit
  • Puces Affymetrix Axiom (Station GeneTitan)
  • Analyse primaire des données
  • Etude du transcriptome
  • RNA Sequencing (NGS), 3'Sequencing RNA Profiling (NGS), Microarrays (Puces à ADN)
  • Analyse primaire des données jusqu’à la détection de gènes différentiellement exprimés annotés

Tous les projets sont gérés dans le cadre d'une démarche qualité. Un projet démarre généralement par une réunion entre le porteur de projet et les membres de la plateforme, pendant laquelle la faisabilité du projet est discutée.

Lorsqu'un projet est pris en charge, la plateforme s'engage à réaliser les analyses primaires et à fournir tous les documents associés (données brutes, données normalisées, classification hiérarchique, recherche de gènes différentiels, fichiers fastq, fichiers bam, fichiers vcf...)

Une analyse complémentaire, ainsi qu'un support à l'analyse est possible sur demande du client.

Pour toute demande de projet avec la plateforme, merci d'envoyer un mail à pf-bird@univ-nantes.fr